サブドメイン(ディレクトリ)の場合も新たに登録が必要ですか？

サブドメインのサイトがトップドメインのサイトから独立している（下層ページではない）場合は、申請していただく必要がございます。

ですが、トップドメインのサイト内にサブドメインのサイトがある場合は、申請の必要はございません。
トップドメインに付与されたアフィリエイトIDを用い、広告をご掲載いただけます。（サブディレクトリに関しても同様になります）